新疆大学从1978年起开始培养研究生，1981年经国务院批准成为首批具有硕士学位授予权的高校，1996年又获得博士学位授予权。学校现有哲学、经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、管理学和艺术学九个学科门类，涵盖了高级专门人才培养和科学研究的主要领域。现有国家级重点学科2个、国家级重点（培育）学科1个，自治区级重点学科13个；博士一级学科14个，硕士一级学科32个，专业学位类别10个。现有博士生导师155人，硕士生导师713人。截止2018年6月，研究生在校规模达到5742人，其中博士生437人， 硕士生5305人。