厦门海关直属中华人民共和国海关总署，属于厅局级机构。管辖范围包括厦门、漳州、泉州和龙岩4市，总面积4.42万平方公里，海岸线长1474公里。1949年10月17日，厦门解放。
22日，厦门市军事管制委员会派军事代表正式接管厦门关，开始了厦门口岸人民海关的历史新阶段。1984年7月，厦门海关由正处级机构调整为厅局级机构。厦门海关现辖副厅级机构2个：泉州海关，厦门海关缉私局；辖正处级机构24个：东渡海关、厦门高崎机场海关、海沧海关、漳州海关、东山海关、龙岩海关等；辖派驻机构6个：驻翔安办事处、驻高崎办事处、驻同安办事处、驻邮局办事处等；辖事业单位3个：海关学会等。2015年08月17日，厦门海关首创APP移动支付缴税。
2019年9月4日，根据海关总署党委研究决定，郑巨刚任厦门海关关长、党组书记。